日本火車分為五個等級：(1) 普通列車（各站停車）；(2) 快速列車（跳過部分站，票價與普通相同）；(3) 急行列車（停更少站，票價與普通相同）；(4) 特急列車（僅停主要站，需加購特急券，費用約¥500-4,000視距離而定）；(5) 新幹線（子彈列車，使用獨立軌道和月台，需加購特急券約¥800-8,000）。長途列車提供普通車廂和綠色車廂（商務艙級，票價貴30-50%），部分新幹線還有Gran Class（頭等艙）。多數新幹線和特急列車提供自由席和指定席，指定席費用約¥300-900，持JR Pass可免費預約。